Saat pendirian pada tahun 1998, PAN bertujuan menjunjung tinggi dan menegakkan kedaulatan rakyat, keadilan, kemajuan material, dan spiritual. Cita-cita partai berakar pada moral agama, kemanusiaan, dan kemajemukan. Selebihnya PAN menganut prinsip non-sektarian dan non-diskriminatif. Untuk terwujudnya Indonesia Baru, PAN pernah melontarkan gagasan wacana dialog bentuk negara federasi sebagai jawaban atas ancaman disintegrasi. Titik sentral dialog adalah keadilan dalam mengelola sumber daya sehingga rakyat seluruh Indonesia dapat benar-benar merasakan sebagai warga bangsa.[1] Dan masa itu, partai menobatkan Pancasila sebagai asas ideologinya.[2]

Namun demikian, kemudian, sebagaimana dicatat oleh peneliti luar, karena kerja sama erat partai tersebut dengan ormas Muhammadiyah, dukungan pemilih yang mayoritas beragama Islam, dan alasan lainnya, ideologi partai menjadi lebih keagamaan[6] dan lebih Islam demokrat, namun jauh dari islamisme.[3][4] Kini, PAN merupakan partai moderat dan paling progresiv di antara partai religius Indonesia lainnya.[5]